A Secretaria Geral Acadêmica é o órgão que controla e registra as ações acadêmicas dos cursos de graduação, sequenciais, pós-graduação, extensão e outros, sendo responsável pelos atos e fatos acadêmicos dos discentes e docentes do CESMAC, vinculada à Pró-Reitoria Acadêmica.
A partir de 2012.2, possibilitará aos discentes o atendimento também virtual, disponibilizando toda documentação de fluxo interno e externo, na forma digital.
A Secretaria Geral Acadêmica é dirigida pelo Secretário Geral Acadêmico que irá promover a gestão de todas as suas unidades, obedecendo a regulamento próprio e de acordo com a legislação vigente.